San Isidro tiene un compromiso directo desde todas las áreas de gobierno con la gestión ambiental. Promueve un desarrollo de políticas públicas y a largo plazo que no afecten la biodiversidad y que a la vez promuevan un desarrollo sustentable que perdure en el tiempo y que no afecte a las nuevas generaciones.

Existen ejemplos puntuales que muestran la responsabilidad de la comuna en esta materia como es la Reserva Ecológica (Primera reserva creada en el país por un municipio) que preserva las características autóctonas de la ribera, o la Chacra Educativa San Isidro Labrador que recrea el ámbito rural en el cual se pueden apreciar los distintos procesos de cultivos y crianza de animales, esta política de gestión ambiental está destinada hacia todos los emprendimientos que efectúa la municipalidad.

Se está llevando a cabo el Programa San Isidro Recicla con una intención educativa para que todos los vecinos, sobre todo los más pequeños, tomen conciencia de la importancia de que sean reutilizados ciertos elementos que de no hacerlo perjudican directamente al medio ambiente. Así, mediante esta iniciativa los envases vacíos de leche, agua, gaseosas, jugos y otros productos se transforman en recursos para el Hospital Materno Infantil de San Isidro.